ELSI

研究・活動

研究者

藤島 皓介

藤島 皓介
氏 名
藤島 皓介
役 職
研究員
専門分野
宇宙生物学
E-mail
fuji_at_elsi.jp

主要業績/受賞歴

22. Matsubara T, Fujishima K, Saltikov CW, Nakamura S, Rothschild LJ. Earth analogs for past and future life on Mars: Isolation of perchlorate resistant halophiles from Big Soda Lake. Int J Astrobiology, 1-11. (2016)

21. Paulino-Lima IG, Fujishima K, Navarrete JU, Galante D, Rodrigues F, Azua-Bustos A, Rothschild LJ. Extremely high UV-C radiation resistant microorganisms from desert environments with different manganese concentrations. J Photochem Photobiol B, 163:327-36. (2016)

20. Holm Hansen AC, Paulino-Lima IG, Fujishima K, Rothschild LJ, Jensen PR. Draft Genome Sequence of Hymenobacter sp. Strain AT01-02, Isolated from a Surface Soil Sample in the Atacama Desert, Chile. Genome Announc, 4(1) e01701-15. (2016)

19. Fujishima K., Venter C., Wang K., Ferreira R. and Rothschild L. An overhang-based exon shuffling method for creating a customized random DNA library. Sci Rep, 5: 9740. (2015)

18. Ikeda KT, Hirose Y, Hiraoka K, Noro E, Fujishima K, Tomita M, Kanai A. Identification, expression, and molecular evolution of microRNAs in the "living fossil" Triops cancriformis (tadpole shrimp). RNA, 21(2):230-242. (2015)

17. Fujishima K and Kanai A. tRNA gene diversity in the three domains of life. Front Genet, (5):142. (2014)

16. Fujishima K and Kanai A. Split Gene. Brenner’s Encyclopedia of Genetics, 2nd edition, 543-544. (2013)

15. Hirata A, Fujishima K, Yamagami R, Kawamura T, Banfield JF, Kanai A, Hori H. X-ray structure of the fourth type of archaeal tRNA splicing endonuclease: insights into the evolution of a novel three-unit composition and a unique loop involved in broad substrate specificity Nucleic Acids Res, 40(20):10554-66. (2012)

14. Sugahara J., Fujishima K., Nunoura T., Takaki Y., Takami H., Takai K., Tomita M. and Kanai A. Genomic Heterogeneity in a Natural Archaeal Population Suggests a Model of tRNA Gene Disruption. PLoS ONE, 7(3):e32504. (2012)

13. Hamashima K., Fujishima K., Masuda T., Sugahara J., Tomita M. and Kanai A. Nematode-specific tRNAs that decode an alternative genetic code for leucine. Nucleic Acids Res, 40(8):3653-62 (2011)

12. Fujishima K., Sugahara J., Miller CS., Baker BJ., Di Giulio M., Takesue K., Sato A., Tomita M., Banfield JF. and Kanai A. A novel three-unit tRNA splicing endonuclease found in ultrasmall Archaea possesses broad substrate specificity. Nucleic Acids Res, 39(22):9695-704 (2011)

11. Murakami S., Fujishima K., Tomita M. and Kanai A. Metatranscriptomic analysis of microbes in an ocean-front deep subsurface hot spring reveals novel small RNAs and type-specific tRNA degradation. Appl Environ Microbiol, 78(4):1015-1022 (2011)

10. Fujishima K., Sugahara J., Miller CS., Baker BJ., Di Giulio M., Takesue K., Sato A., Tomita M., Banfield JF. and Kanai A. A novel three-unit tRNA splicing endonuclease found in ultrasmall Archaea possesses broad substrate specificity. Nucleic Acids Res, 39(22):9695-704 (2011)

9. Fujishima K., Sugahara J., Tomita M. and Kanai A. Large-scale tRNA intron transposition in the archaeal order Thermoproteales represents a novel mechanism of intron gain. Mol Biol Evol, 27(10):2233-43 (2010).

8. Takane K., Fujishima K., Watanabe Y., Sato A., Saito N., Tomita M. and Kanai A. Computational prediction and experimental validation of evolutionarily conserved microRNA target genes in bilaterian animals. BMC Genomics, 11(1):101 (2010).

7. Kitamura S., Fujishima K., Sato A., Tsuchiya D., Tomita M. and Kanai A. Characterization of RNase HII substrate recognition using RNase HII-Argonaute chimeric enzymes from Pyrococcus furiosus. Biochem J, 426(3):337-44 (2010).

6. Fujishima K., Sugahara J., Kikuta K., Hirano R., Sato A., Tomita M. and Kanai A. Tri-split tRNA is a transfer RNA made from three transcripts that provides insight into the evolution of fragmented tRNAs in archaea”, Proc Natl Acad Sci U S A, 106(8):2683-7 (2009).

5. Sugahara J., Fujishima K., Morita K., Tomita M. and Kanai A. Disrupted tRNA gene diversity and possible evolutionary scenarios. J Mol Evol, 69(5):497-504 (2009).

4. Fujishima K., Sugahara J., Tomita M. and Kanai A. Sequence Evidence in the Archaeal Genomes that tRNAs Emerged Through the Combination of Ancestral Genes as 5' and 3' tRNA Halves. PLoS ONE, 25(12):2709-16(2008).

3. Sugahara J., Kikuta K., Fujishima K., Yachie N., Tomita M. and Kanai A. Comprehensive analysis of archaeal tRNA genes reveals rapid increase of tRNA introns in the order thermoproteales. Mol Biol Evol, 25(12):2709-16 (2008).

2. Fujishima K., Komasa M., Kitamura S., Tomita M. and Kanai A. Comparison and characterization of proteomes in the three domains of life using 2D correlation analysis. Progress of Theoretical Physics Supplement, 173:206-18 (2008).

1. Fujishima K., Komasa M., Kitamura S., Suzuki H., Tomita M. and Kanai A. Proteome-wide prediction of novel DNA/RNA-binding proteins using amino acid composition and periodicity in the hyperthermophilic archaeon Pyrococcus furiosus. DNA Res, 14(3):91-102 (2007).

受賞歴

2016 WIRED Audi INNOVATION AWARD2016
2016 iGEM2016 Measurement部門 最優秀プロジェクト(Stanford-Brownチームアドバイザー)
2015 NASA Science Innovation Funding award (FY2016)
2015 iGEM2015 Manufacturing部門 最優秀プロジェクト(Stanford-Brownチームアドバイザー)
2014 NASA Center Innovation Funding award (FY2015)
2012 最優秀ポスター発表, Gordon Research Seminar (GRS): Origin of Life, 米国
2011 第28回 井上研究奨励賞, 井上科学振興財団
2010 最優秀口頭発表, 3rd AYRCOB 2010, 台湾
2009 Nature Reviews Molecular Cell Biology Award, RNA 2009 Meeting, 米国

雑誌掲載

藤島 皓介 連載:新分野創造「シンセティック・アストロバイオロジー」 細胞工学
第1回「アストロバイオ×合成生物学」Vol.34 No.2 (2015)
第2回「火星移住と合成生物学(前編)」Vol.34 No.4 (2015)
第3回「火星移住と合成生物学(後編)」Vol.34 No.7 (2015)
第4回「第二の生命と合成生物学(前編)」Vol.34 No.12 (2015)
第5回「第二の生命と合成生物学(後編)」Vol.35 No.1 (2016)
第6回「生命の起源と合成生物学」Vol.35 No.3 (2016)

藤島 皓介 おもろいバイオロジー第8回 拝啓,未来のアストロバイオロジストへ 細胞工学 Vol.32 No.12 (2013)

藤島 皓介, 菅原 潤一, 金井昭夫 三つの遺伝子に断片化したtRNAの発見. 生化学 Vol.82(7):606-12 (2010)

研究概要

生命の起源に関する諸問題の中でも大きな謎の一つが、どのようにして生命が機能性のポリマーを利用するようになったかという点である。タンパク質とRNAというアミノ酸と核酸ベースの高分子がエネルギーの非平衡状態の中でどのような化学進化の過程で作られ、維持されるようになったのか、またそれらの機能、進化、遺伝性を理解することが重要である。もともと翻訳系に必須のtRNA分子の進化に着目した研究を行ってきたが、現在は合成生物学的手法を用いて、核酸の誕生以前、あるいは核酸と共存していた可能性のある原始ペプチドを再構成し、その機能と進化実験を行っている。また有機惑星化学の研究者達とともに、どのような原始地球環境で触媒活性のあるペプチドが濃縮、機能したのかを実験的に調べることで、生命の起源に至るより確からしいシナリオを描きたいと考えている。